GPdI Permata Yaspis berdiri karena sesuatu kejadian dimana saat itu, Pdt. Daniel Batubara mengalami "trouble", dalam keadaan sakit setelah pulang dari pelayanan pekerjaan Tuhan di desa medokan ayu, ban vespa-nya pecah dan dituntun dalam jarak yang jauh. Ketika bertemu dengan tukang tambal ban di kawasan jalan raya nginden, dekat dengan terminal bratang, maka Pdt. Daniel Batubara berdoa di tempat tambal tsb, “Tuhan saya mohon, brilah saya tempat penggembalaan yang dekat sini saja, karena di desa medokan ayu saya tidak fasih berbahasa daerah (Jawa).”
Pdt. Daniel Batubara saat itu bekerja di perusahaan asing (Dunlop), namun telah mengenyam pendidikan di SAGPdI Beji tetapi masih berdwifungsi. Sahabatnya Pdt. Charles Simamora mendorongnya supaya mau kembali melayani pekerjaan Tuhan. Akhirnya mereka berdua membuka persekutuan doa Rajawali di kawasan ngagel dan barata jaya tahun 1984. Dari persekutuan rumah ke rumah tsb, ada seseorang bernama Ibu Hermin Tulong meminta rumahnya dipakai sebagai kebaktian tetap minggu pagi.
Tempat itu di kawasan barata jaya. Kebaktian berjalan tujuh tahun di sebuah paviliun, namun karena tidak cukup tempatnya, jemaat bertambah, Pdt. Daniel Batubara mengambil inisiatif membeli sebuah tempat utk menampung semua jemaat. Oleh kuasa Tuhan ada sebuah gedung bulu tangkis yang tidak terpakai dijual di iklan sebuah harian, melalui mujisat Tuhan tempat tsb terbeli tahun 1992. Bukankah ini sesuai dengan doa Pdt. Daniel Batubara pada waktu mengalami troble di dekat terminal bratang, sebab gedung bulu tangkis yg telah direnovasi sebagai gereja tsb hanya berjarak 300mtr dari tempat Pdt. Daniel Batubara berdoa.
Selama 30 tahun pekerjaan Tuhan berjalan dengan jumlah jemaat lebih dari 200 jiwa, dan memiliki cabang di Gereja Villa Bukit Mas, telah menjadi bukti hasil doa dan air mata dari Gembala Sidang dan seluruh jemaat yang mendukung. Tahun 2014 ini, gereja sedang membangun untuk perluasan gedung gereja sehingga dapat menampung lebih lagi jiwa-jiwa baru sebagai penggenapan pada masa penuaian nanti, amin.